Действие игры Doom проходит в научно-фантастических декорациях с использованием приёмов фильма ужасов. Сюжет раскрывается в руководстве пользователя и в самой игре с помощью текстовых вставок между эпизодами.
Игрок выступает в роли безымянного космического пехотинца. Отсутствие имени у героя создатели объясняют тем, что так игроку будет проще связать себя с персонажем. Главный герой был сослан на Марс после нападения на офицера, отдавшего приказ открыть огонь по гражданским. Он находится под охраной, пока его напарники разбираются с непонятным инцидентом на Фобосе в Объединённой аэрокосмической корпорации (англ. Union Aerospace Corporation, UAC). Внезапно главный герой теряет связь со своими напарниками и, вырвавшись из-под охраны, идёт на поиски отряда. Позже он узнаёт, что проводившиеся корпорацией эксперименты по телепортации дали сбой и через врата, стоявшие на Фобосе ещё до появления на нём человека, полезли адские твари, которые убивали персонал или превращали его в зомби. Всё, что остаётся сделать главному герою, — это найти хоть кого-нибудь из своего отряда и выбраться из этого ада.
Скриншот кода игры/региона игры/версии игры и версии прошивки