С момента завершения событий первой части прошло немного времени. То, что нашли герои в конце, оказалось Машиной Времени (Time-Rift). Решив опробовать её в деле, Джек открывает временное кольцо, откуда вылетают полчища Меднолобых, а затем и их Лидер. Запустив машину, Джек, Самос, Кира и Декстер пролетают через Лидера в Кольцо и летят сквозь время. Внезапный скачок Энергии крушит машину, и команда разлетается во временной воронке. Джек и Декстер, держась вместе, оказываются в совершенно незнакомом им мире, огромном людном мегаполисе — Хейвен-Сити. Их появление не осталось незамеченным, и их берут под стражу люди из Стражи Кримзон. Декстеру удается сбежать, но Джека забирают.
Прошло два года. Джек, находясь в тюрьме, оказывается подопытным в эксперименте «Темный Воин» (Dark Warrior), который проводился Бароном Праксисом (Baron Praxis), правителем города. Декстер спасает Джека из тюрьмы, попутно знакомясь с его темной стороной (результатом этих экспериментов). Также Джек обретает дар речи. Вместе они бегут из тюрьмы и ищут ответы на то, где они, и кто стоит за всем произошедшим.
Скриншот кода игры/региона игры/версии игры и версии прошивки