Рэтчет и Кланк соглашаются доставить самого опасного преступника Vendra Prog'а в тюрьму Vartax. После побега, герои попадают в заброшенный сектор в глубоком космосе. Там они становятся свидетелями межпространственного события, которое угрожает вселенной.
Ratchet & Clank: Into The Nexus является эпилогом к Tools of Destruction и A Crack in Time. Кланк обретает новые способности, позволяющие ему изменять гравитацию и манипулировать объектами для решения головоломок путем перемещения в альтернативные измерения. Там вы можете напрямую управлять роботом, открывая новые зоны для Рэтчета. Также в игре появилось новое оружие и гаджеты.