В Сказаниях Эксиллии игроки следуют за Джудом Матисом, студентом медицинской школы, и Миллой Максвелл, девушкой, связанной с Четырьмя верховными духами. По ходу сюжета герои путешествуют по миру Ризе Максии, где люди и духи сосуществуют в гармонии. Им предстоит остановить опасное орудие, созданное королевством Ра-Шугал, которое истощило ману во всём мире. Игрокам предоставляется выбор, за какого из двух персонажей играть, что влияет на восприятие истории. Основная цель — уничтожить орудие и восстановить баланс маны, чтобы спасти мир от разрушения.
